Le chœur de l’église a été fortement réaménagé à deux reprises, durant le XXe siècle.
Une première fois en 1906 par Mr Guyader de Landerneau, sur les indications du chanoine Abgrall, puis, après le Concile Vatican II, à l’initiative de la mairie, avec le concours du ministère de la Culture.
Tel qu’il se présente, le chœur constitue un assez bel ensemble de célébration, encadré de chaque côté par des stalles modestes et délimité à l’avant par une balustrade.
Au fond du chœur, de chaque côté du vitrail, à remarquer : deux œuvres exécutées en 1676 par Honoré Halliot, « mestre sculpteur en bois à Landerneau » dont on retrouve le nom en divers endroits dans les enclos.
Ici, les puristes pourront s’en donner à cœur joie… Un saint Joachim en habit oriental, une Vierge superbement vêtue, des anges en nombre impressionnant, des fleurs en corbeilles ou en guirlandes…
La tempête de 1702 aurait-elle démoli un retable dont ces deux statues seraient le vestige ?
Ou bien, a-t-elle marqué un point d’arrêt puisqu’il a fallu reconstruire le clocher ?
Le vitrail, selon les archives, est une commande de 1880, à Jean Cabon, maître verrier à Lanhouarneau.
Dans la partie centrale : la Pentecôte.
Dans les côtés : l’Annonciation et la Nativité ; la Résurrection et l’Assomption.
Les armes du pape Léon XIII, dans un soufflet du tympan, montrent qu’à la fin du XIXe siècle Trémaouézan avait gardé l’esprit de la Grande Époque.